A blokk alapú Zettelkasten arról szól, hogy minden egyes jegyzetben lévő blokk linkelhető és önmagában felhasználható kell hogy legyen. Egy ilyen blokk atomikus ötletet ír le. A célja az, hogy a blokkot alkatrészként lehessen használni más jegyzetekhez is.
A blokk alapú Zettelkasten atomikusabb alkalmazást tesz lehetővé egy-egy ötletre. Egy blokk úgy jó, ha az kompozitálható, azaz beilleszthető más jegyzetbe is inline.
A blokkokból létrehozhatók az output jegyzetek vázlatai, amik összefognak egy végleges írást. Ilyenkor a blokkok külön linkelhetők, összehasonlíthatók és rendezhetők még az írás szerepkesztésének elkezdése előtt.